mongodb bulk upsert with long pauses

From: Gerold Böhler <domainloop@xxxxxxxxx>
To: mongodb-user <mongodb-user@xxxxxxxxxxxxxxxx>
Date: Tue, 3 May 2016 06:42:19 -0700 (PDT)
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Hi all,

so i have a script that bulk upserts batches of 1000's into a sharded 
cluster, as well as in a replica set. In the beginning, everything worked 
fine but after a while, the script kept pausing for seconds, now minutes 
and even hours, before it continues to run.

I have monitored the db servers and the cpu seems to be busy, but theres no 
i/o during the pauses. My guess is that its creating indexes so i tried 
monitoring the index creation process but with no luck.

So i am kind of stuck and don't know where to look next, any hint is 
greatly appreciated!

Gerold
PS: Also 
on http://stackoverflow.com/questions/36986559/mongodb-bulk-upsert-with-long-pauses ;

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